Az egykori Dunaágból létrejött Örjeg (Sár, Turján, Vörös mocsár) a táj keleti határaként zárt területet hozott létre, amely valószínűleg azonos az Anonymus által írott Nagy szigettel, amelyet a fejedelmi család szállott meg. E vízjárta terület jellegét nagymértékben megváltoztatta a múlt század eleje óta folyó ármentesítés. Mára inkább csak a falu határának földrajzi nevei emlékeztetnek a hajdani vízi világra. A tőzegtelepen, réteken, legelőkön kívül leginkább szántóföldeket látunk mindenfelé.

Homokmégy területét évezredek óta lakták. Az alapos terepbejárások, a véletlenül előkerült és a tervszerű ásatásokkal felszínre hozott leletek a Körös-kultúrától a keltákon, szarmatákon, hunokon, germánokon, avarokon keresztül vezetnek a magyarokig. A halomi fejedelmi központ feltárásakor még egy szenzációs rovás-írásos lelet is előkerült. („Tíznyilas tegezzel győzz!”) Bizonyos leletekből a keleti kereszténység jelenlétére lehet következtetnünk.

Homokmégy határában van a tájegység legmagasabb pontja a Halomi-högy (106 m), ahol szőlőművelés közben bronzkori edényeket találtak. Később avar kori temető, majd gazdag honfoglalás kori sírok, aztán X-XI. századi sírok kerültek elő ezen a környéken. Az Árpád-korban a halom oldalán királyi udvarház létesült, amelyet I. Béla 1061-ben a szekszárdi apátságnak adományozott.
Az 1444-ben említett középkori Homokmégy, miként szomszédságában lévő többi falu is, a török hódoltság idején elpusztult. Az elnéptelenedett falvak határait a közeli túlélő települések népe igyekezett birtokba venni. Itt létesítettek csoportos, utcás tartozék településeket, amelyekben telente a jószágokat tartották s csak férfiak lakták, nyaranta viszont az öregek kivételével az egész család kiköltözött oda a mezei munkák végzése céljából. A partos helyeken földművelést folytattak jó ideig újraosztásos földközösségben, a mélyebb területeken pedig állatokat legeltettek. 1880 körül már a homokmégyiek állandóan lakják szállásaikat, haranglábakat, Mária képeket állítanak. A mai Homokmégy területe a XVIII-XIX. Században Kalocsa város határához tartozott. A kalocsai alsószállások önállósodásával 1898-ban lett önálló község.

• 1938-ban László Gyula avar kori temetőt tárt fel Halomban, ásatásának anyagát a Nemzeti Múzeum őrzi.
• 1945 után sokat fejlődött a község infrastruktúrája (villany, óvoda, könyvtár, kultúrház, lakások, ártézi kút, vegyesboltok)
• 1954-1973 között több népzene-kutató és gyűjtő fordult meg a faluban.
• 1996-ban az alsómégy-homokmégyi földút mellett X.-XI. századi sírokat ástak ki.
• 1997-ben az Őrjeget – mintegy 1000 hektáros tőzegtelepeivel, legelőivel, kaszálóival – az önkormányzat természetvédelmi területté nyilvánította.
• Népmûvészeti és régészeti gyûjtemények a Viski Károly Múzeumban
• 1998-ban a Homokmégyért Alapítvány gondozásában jelent meg a Romsics Imre által szerkesztett Homokmégy – Tanulmányok Homokmégy történetéből és néprajzából címû kötet, amely a település történetét tárja elénk.

Jelentős az itteni hímző háziipar, híres tojásfestő-, pingáló- és hímző asszonyok szülőhelye Homokmégy. Az utóbbi időben egyre jelentősebbé válik a vadászturizmus is Homokmégy életében.